Научно-исследовательский институт биологии (ранее Биолого-географический институт, БГНИИ) создан в 1923 году постановлением Наркомпроса России. В нем 6 лабораторий, где работают 5 докторов и 21 кандидат наук, выполняются 4 темы фундаментальных госбюджетных исследований. НИИ биологии проводит научно-исследовательские работы фундаментального и прикладного характера в качестве базы для обучения студентов и аспирантов ИГУ современным методам биологических исследований. Главные научные направления работы - гидробиология Байкала, водная токсикология, а также экспериментальная биотехнология, экология птиц и др. С 1946 г. по сей день институт ведет уникальное по длительности исследование байкальского планктона.

В 1920-х гг. в институте работал ряд профессоров, ставших известнейшими иркутскими исследователями, в частности, Б.А. Сварчевский (первый директор БГНИИ), В.Ч. Дорогостайский, С.И. Тимофеев, В.И. Смирнов и др. Виднейшей фигурой в становлении и развитии БГНИИ / НИИ биологии был доктор биологических наук, профессор М.М. Кожов (1890-1968), пришедший в институт в 1925 г. и ставший его директором в 1931 г. Его дочь, доктор биологических наук, профессор О.М. Кожова (1931-2000) руководила институтом в 1971-1981 и 1990-2000 гг.

Базой для основной части гидробиологических исследований является Байкальская биостанция в пос. Большие Коты. Она состоит из учебных, лабораторных и жилых зданий, музея байкаловедения. Работы на Байкале ведутся с помощью научно-исследовательского судна.